内蒙古自治区蒙医药学会一九七九年经内蒙古自治区科协批准，在内蒙古自治区民政厅注册成立。挂靠在内蒙古卫计委内蒙古蒙中药管理局。是全区蒙医药科学技术工作者和蒙医药医疗机构自愿组成的学术性、地方性的非营利性社会组织，是依法成立的社团法人。
内蒙古自治区蒙医药学会2015年获内蒙古科协学会创新和服务能力提升工程优秀科技社团建设项目二等奖。2017年被内蒙古科协评为先进学会。
内蒙古蒙医药学会第三届代表会一九九三年十月在呼和浩特召开，选出第三届理事会
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