内蒙古自治区老科协设立会员代表大会、理事会、常务理事会、会长办公会。设有会长、副会长、秘书长、常务理事、理事。办公室为理事会的办公机构。
设立宏观经济、农业、能源、环境资源、信息化、文化旅游、蒙医药文化、土地矿产等8个专业委员会。按照“横向到边,纵向到底”的要求,基层盟市、旗县、乡镇三级基本形成了网络化组织体系。